Traversé par l'équateur, l'Indonésie connaît, selon les îles, un climat tropical ou équatorial. C'est l'un des pays les plus chauds et les plus humides de la planète. La zone équatoriale (Sumatra, Bornéo, Célèbes, Irian Jaya), au climat très humide, ne connaît qu'une très courte saison sèche. Dans la zone tropicale (Java, Bali, petites îles de la Sonde), la saison humide alterne avec une longue saison sèche (six mois environ). Dans les petites îles de la Sonde, le climat présente même un caractère semi-aride. L'archipel est affecté par deux moussons, l'une de novembre à mars, accompagnée de fortes pluies, et qui constitue la saison la plus humide, et une autre, de juin à octobre. L'Indonésie ne connaît pas les typhons qui ravagent périodiquement l'Asie du Sud-Est, à l'exception de l'île de Timor. Les variations annuelles des températures sont faibles : de 24 à 26°C en moyenne, la température ne descendant jamais en dessous de 20°C, sauf en montagne. Il n'y a pas de saison définie. C'est le régime des pluies qui introduit des variations : la pluviosité annuelle moyenne oscille entre 1 780 et 3 175 mm en plaine et peut atteindre 5 000 mm dans les régions montagneuses de Kalimantan, où tous les mois sont pluvieux.